Ciliados são os protozoários de maior complexidade e os mais especializados quanto à estrutura de suas células. Apresentam locomoção por meio do batimento de cílios. As células apresentam dois núcleos: micronúcleo e macronúcleo. São de água doce e marinhos, quase todos de vida livre. Existe apenas um parasita do homem: o Balantidium coli.
Os ciliados mais conhecidos são os paramécios.
Balantidium coli: este ciliado é parasita do intestino grosso provocando diarreias. A transmissão é feita pela ingestão de água, verduras e outros alimentos contaminados com os cistos do parasita.
O paramécio vive em água doce. Apresenta uma abertura bucal (citóstoma) que permite a ingestão de partículas alimentares. O funil bucal é um pequeno canal que parte do citóstoma para o interior da célula, na base do qual formam-se os vacúolos digestórios que se encarregam da digestão do alimento ingerido. Os restos não digeridos são eliminados por um orifício conhecido por citopígeo.
Possui dois vacúolos pulsáteis (contráteis) que se encarregam da eliminação do excesso de água que entra na célula e também da excreção.
A reprodução pode ser assexuada através da bipartição (cissiparidade) e sexuada através da conjugação.
