As cidades medievais que não dependessem diretamente do rei estavam sujeitas à autoridade de um senhor feudal, leigo ou eclesiástico, a quem pagavam taxas. Submetiam-se ainda à justiça e à administração senhoriais, representadas por funcionários denominados, conforme a região, ministeriais, bailios ou senescais.
O senhor feudal estava integrado numa economia agrária, não tendo compreensão da nova realidade. Representava portanto um entrave ao desenvolvimento das cidades e de seu comércio. As taxações feudais (entre as quais a cobrança de pedágios desempenhava um papel de destaque) prejudicavam as atividades mercantis e a justiça senhorial se mostrava inadequada, por ser punidora e não exemplificativa. A pena máxima dos tribunais feudais era o banimento.
As cidades precisavam de uma justiça mais rigorosa (como a condenação à forca, por exemplo), que desestimulasse os crimes e garantisse a nova ordem. Ainda mais, sendo a cidade um local protegido por muros, era normal que o senhor feudal se acautelasse quanto à entrada e saída de pessoas. Isso impedia o livre trânsito, indispensável ao bom andamento do comércio.
Assim sendo, interessava às cidades, principalmente às associações dos grandes mercadores (guildas), obter as liberdades urbanas de administração e de aplicação da justiça. Para tanto, seria preciso que o senhor de quem a cidade dependia lhe concedesse a franquia (isenção) dos direitos que ele possuía sobre os cidadãos.
Quando os senhores feudais abriam mão de seus direitos em troca de um pagamento, as cidades recebiam uma carta de franquia e se tornavam cidades francas, isto é, livres da dominação e da tributação senhoriais. Nesse caso, as relações entre nobreza feudal e administrações urbanas normalmente permaneciam em bons termos.
Muitos senhores até favoreceram a criação de cidades, para depois lhes conceder a liberdade em troca de um pagamento monetário. Essas cidades eram chamadas de burgos novos ou bastides (esta última, uma denominação restrita ao sudoeste da França). Existiam ainda as cidades reais e as cidades imperiais, quando sob a proteção direta do rei ou, na Alemanha, do imperador.
Entretanto, houve muitos senhores que se recusaram a um acordo, o que forçou os burgueses à revolta, para alcançar pela força o que não haviam conseguido com dinheiro. As cidades onde ocorreu sublevação do corpo social (ou seja, da comunidade urbana) foram chamadas de comunas. O movimento comunal ocorreu principalmente nas regiões onde a burguesia era mais forte, como o Norte da França e a Italia centro-setentrional.
Na Itália, onde a vida urbana manteve uma certa importância mesmo na Alta Idade Média, nem o poder imperial nem o senhorial conseguiram se consolidar. A burguesia governava as cidades, várias das quais se tornaram repúblicas soberanas (independentes). Ali, os nobres se integraram nas atividades urbanas, direta ou indiretamente, e muitos acabaram exercendo o poder político dentro de um espírito mercantil, como convinha à burguesia.
O governo urbano podia variar de acordo com a região. Geralmente, o órgão máximo era um conselho de representantes dos cidadãos, designados pelas guildas e pelas corporações de ofício. Esse conselho estabelecia normas de aplicação local, distribuía a justiça, cobrava os impostos e comandava a milícia urbana. Seu chefe recebia o título de prefeito, burgomestre, doge ou podestà, dependendo da cidade.
Durante a Baixa Idade Média, muitas cidades alemãs, conhecidas pelo nome de cidades livres, associaram-se para monopolizar o comércio em uma determinada região. Tais associações denominavam-se hansas (ou ligas). A mais importante delas foi a Liga Hanseática, que chegou a dominar o comércio nos Mares Báltico e do Norte, tendo por centro a cidade de Lubeck.
